初心者から熟練者までが楽しめる多彩なゲームモードを収録。あえて相性の悪い組み合わせでの戦いを挑むなど、自分なりの方法でプレイすることもできる。
特定の条件下で戦っていくステージクリア型のモード。基本的な操作を学べるトレーニングからスタートし、ステージをクリアしていくことでさらに難しいステージに挑戦できるようになる。プレイスタイルや対戦相手の属性に合わせて使用する神を選び、全ステージクリアを目指せ！
造成範囲や使用可能な奇跡など、さまざまな条件を自由に設定してプレイすることができるモード。プレイヤーが条件を指定せず、ランダムで決定されたルールで遊ぶこともできる。指定された民や状況をマップの中から探し出すミニゲーム「戦士を探せ！」も遊べる。
DSワイヤレス通信を使用して、「ポピュラス対戦」と「戦士を探せ！対戦」の2種類をプレイできるモード。「ポピュラス対戦」では、最大4人での同時対戦が可能で、フリープレイ同様に対戦ルールを設定したプレイが行える。
各種資料を閲覧できるモード。チャレンジモードに登場した神や悪魔、マップごと属性ごとの戦士のグラフィックなどが確認できる。
